Zvonimir Šarlija pridružio se Hajduku u lipnju 2023. godine kao prvo pojačanje ljetnog prijelaznog roka.
Potpisao je četverogodišnji ugovor nakon dvogodišnjeg angažmana u grčkom Panathinaikosu, s kojim je osvojio Grčki kup.
Svoj službeni debi za Hajduk imao je 15. srpnja 2023. u utakmici Superkupa protiv Dinama, gdje je odigrao svih 90 minuta u paru s Ferrom.
Tijekom jesenskog dijela sezone 2023./24., Šarlija je bio standardni član obrane Hajduka. Međutim, dolaskom trenera Gennara Gattusa i preferiranjem mladog Dominika Prpića uz Filipa Uremovića, Šarlija je izgubio mjesto u početnoj postavi, a onda i otišao.
Šarlija je trenutno na posudbi i ciparskom Pafosu, a tamo mu ide odlično. Nedavno je osvojio ciparsko prvenstvo, a sada možda i do kupa. Dvostruke krune u tek nekoliko dana.
Unatoč posudbi, ugovor s Hajdukom mu traje do ljeta 2027. godine, a ciparski klub ima opciju otkupa ugovora.
Za Pafos je upisao 18 nastupa dok je u dresu Hajduka na broju 47.
Tijekom svoje karijere, Šarlija je još nastupao za Slaven Belupo, CSKA Moskvu, Kasimpašu, Ankaragücü i Panathinaikos.