"Alpski Messi" je u Bayern stigao u ljeto 2012. iz Basela. I dok je u prvoj sezoni, dok je trener bio Jupp Heynckes, imao značajnu minutažu i o njemu se govorilo kao o nasljedniku Arjena Robbena, dolaskom Pepa Guardiole pao je u drugi plan.

Ove sezone Shaqiri je u Bundesligi bio samo tri puta u početnoj postavi, a odigrao je ukupno 310 minuta. Za Shaqirija su zainteresirani Liverpool, Chelsea i Tottenham, a procjenjuje se da će odšteta iznositi 25 milijuna eura.