Izrađena je nova pristupna lista na kojoj je Hrvatska rangirana na 27. mjestu. To je za jedno mjesto niži rang nego prošle godine i to našim klubovima osigurava četiri mjesta u kvalifikacijama za Ligu prvaka i Europsku ligu Uefa sljedeće sezone. 

>> Kup UEFA mijenja naziv i sustav natjecanja

Prvak Hrvatske uključuje se u drugom kvalifikacijskom kolu za Ligu prvaka (14./15.07.09. i 21./22.07.2009.). 

Tri kluba se uključuju u kvalifikacijska kola za Europsku ligu Uefa i to pobjednik Kupa u trećem kolu (30.07 i 06.08.2009.), drugoplasirani klub Prve HNL u drugom kolu (16.07. i 23.07.2009.), a trećeplasirani klub Prve HNL u prvo kvalifikacijsko kolo koje je na rasporedu 02. i 09.07.2009. godine.

Prvak Hrvatske uključuje se u drugom kvalifikacijskom kolu za Ligu prvaka

Ukoliko naš prvak bude uspješan u 2. i 3. kvalifikacijskom kolu, za plasman u neku od skupina Lige prvaka čeka ga još jedno kolo kvalifikacija tzv. Play-off koji je predviđen za 18./19. i 25./26.kolovoz, a u slučaju poraza u 3. kolu, natjecanje nastavlja u Play-off terminu 20. i 27. kolovoza za ulazak u neku od skupina Europske lige Uefa.

Natjecanje po skupinama Lige prvaka počinje 15. rujna, a skupine Europske lige Uefa 17. rujna 2009. godine.

Zbog ovakve reorganizacije natjecanja u kojem sudjeluje veći broj klubova, ukinuto je natjecanje Intertoto kupa.