Na drugom slobodnom treningu za VN Japana koji se vozi na stazi Motegi Circuit ovoga vikenda četiri Honde su zasjele na četiri prva mjesta. Najbrži krug je odvezao Dani Pedrosa (Repsol Honda) sa vremenom 1:46.790 ispred momčadskog kolege Stonera koji je bio sporiji 0.054 sekunde. Slijedi ih Andrea Dovizioso koji je poboljšao svoje vrijeme iz prvog slobodnog treninga za osam desetinki. Nakon vodstva u prvom dijelu treninga ukupno četvrto vrijeme postavio je Marco Simoncelli na Hondi za Gressini Team.
Kao peti je završio Jorge Lorenzo na Yamahi a šesti Nicky Hayden (Ducati Team) unatoč činjenici da je prvi slobodni trening završio na trećem mjestu. Domaći vozač Hiroshi Aoyama (San Carlo Honda Gresini) sa vremenom 1:47.785 se plasirao na sedmo mjesto ispred vozača Ducatija Valentina Rossija.
Ben Spies (Yamaha Factory Racing) je odvezao samo pet krugova i odlučio završiti trening zbog viroze koja ga muči već nekoliko dana i čuvati snagu za sutrašnju trening.
