Guardiola je 2001. godine kao igrač Brescie na dopinškoj kontroli bio pozitivan na nandrolon zbog čega je bio suspendiran na četiri mjeseca, a četiri godine kasnije na sudu u Bresciji osuđen i na sedam mjeseci zatvora. Bivši kapetan Barce je cijelo vrijeme tvrdio kako je nedužan i nakon četiri godina borbe na sudovima ukinuta mu je zatvorska kazna.

Vijest o odbacivanju tužbe s olakšanjem je dočekana na Camp Nou, posebice nakon što je katalonska momčad izborila plasman u finale Lige prvaka koje će se igrati i Rimu.

'Pravda je napokon zadovoljena. Guardiola je napokon dočekao satisfakciju,' objavio je Radio 'Marca'.

Guardiola je najveći dio igračke karijere proveo u redovima Barcelone čiji je dres nosio čak 11 godina. Potom je jednu sezonu proveo u Bresciji i Barceloni, dvije u Ahlia, a igračku karijeru je zaključio u Sinaloi.