Nakon što je u počecima karijere igrao za Portuguesu, kratko za Real Madrid i Flamengo, Ze Roberto je najveći trag ostavio u Bundesligi. Igrao je za Bayer Leverkusen od 1998. do 2002. godine, za Bayern dva puta, od 2002. do 2006., te od 2007, do 2009. godine (između toga je bio u Santosu), te za HSV u kojem je proveo dvije sezone. Napustio je hamburški klub prošlog ljeta i potpisao za katarsku Al-Gharafu.
"Ostalo mi je odraditi još šest mjeseci ugovora, kojeg ne kanim produljiti. Nedostaje mi Bundesliga, natjecateljski naboj i pritisak koji ona nosi. Čak mi nedostaju i uvrede navijača. Ovdje je sve pretiho", izjavio je 37-godišnji Ze Roberto za Spiegel, te dodao.
"Nakon ljeta, vratit ću se ili u Njemačku ili u Brazil. Mogu igrati do 40. godine. Spreman sam to i dokazati u onom klubu ili onim klubovima koji će mi pružiti šansu."