Eidur Gudjohnsen profesionalnu karijeru započeo je u Valuru gdje ga je prepoznao PSV i doveo u Eindhoven, ali ga se i odrekao nakon dvije sezone u kojima je imao problema s ozljedom gležnja. Uslijedio je povratak u KR Reykjavik da bi uslijedio poziv kluba koji mu je otvorio vrata velike scene.
Bolton Wanderers su ga angažirali i pružili mu priliku koju je on objeručke prihvatio (ukupno je zabio 26 golova za njih), ali vrlo brzo je postalo jasno da njegovi kapaciteti zaslužuju puno veći klub od Boltona.
Gianluca Vialli ga je doveo u Chelsea 2000. gdje je ostao šest godina kada prelazi u Barcelonu s kojom je osvojio Ligu prvaka. Nakon odlaska iz Katalonije igrao je i za Monaco, Tottenham, Stoke City, Fulham, atenski AEK, Cercle Brugge i Club Brugge.
Danas, u 37. godini života, na pragu je ponovnog potpisa za Bolton s kojim već neko vrijeme trenira i koji već treću sezonu zaredom igra u Championshipu te se ne uspijeva vratiti u Premierligu. Štoviše, trenutno se nalaze u nezgodnoj poziciji, prijeti im ispadanje u treću ligu (League One) budući da imaju samo tri boda više u odnosu na klubove u zoni ispadanja. Na Macron Stadiumu nadaju se kako bi im upravo Gudjohnsen mogao pomoći da klub ne doživi težak udarac...